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科研新发现浙江大学团队绘制ldquo [复制链接]

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小编语在人人都在谈大数据的时代,咱们生物领域的科研工作者能做些什么呢?答案就是王福俤教授带领西湖营养团队联合中国科学院上海生命科学研究院健康科学研究所生物信息平台*涛博士与新加坡资讯通信研究院兰亮博士给出了大数据在健康科学研究方面的应用和前景,绘出大数据与健康双剑合璧的美好蓝图!或许,将来的大病历可以共享、你的基础身体数据可以随时被下载与检测,多的是你想不到的事~

近日,浙江大学公共卫生学院王福俤教授研究组、中国科学院上海生命科学研究院健康科学研究所生物信息平台*涛博士及新加坡资讯通信研究院兰亮博士在《大数据研究》(《BigDataResearch》)上发表题为PromisesandChallengesofBigDataComputinginHealthSciences的特邀综述。该综述从专业的角度系统总结了大数据技术在健康科学(Healthsciences)研究方面的最新进展,并讨论和勾勒了大数据介入的未来健康科学蓝图[1]。

学霸乐园“大数据”(英文为Bigdata,或Megadata),或称巨量数据、海量数据,指的是所涉及的数据量规模巨大到无法通过人工,在合理时间内达到截取、管理、处理、并整理成为人类所能解读的信息,基本定义是需要新处理模式才能具有更强的决策力、洞察发现力和流程优化能力的海量、高增长率和多样化的信息资产。可用来察觉商业趋势、判定研究质量、避免疾病扩散、打击犯罪或测定实时交通路况。“大数据”是新型交叉科学,它会影响人们生活和工作的各个方面。

大数据技术在电子商务,智能生活,生物医药等领域有着成功的应用,如保健医疗推荐系统,基于互联网的流行病监测系统,基于传感器的健康状况和食品安全检测系统,空气质量监测,全基因组关联分析(GWAS)和表达数量性状基因座(eQTL)。#听起来就很高!大!上!有木有:)#

普通大众多停留在感性阶段,即通常所说的四个V,即大数据的4个特点:数据量大(Volume),类型多样(Variety),高速产生(Velocity),价值巨大(Value)。对于大数据会如何改变我们的生活,思维和研究方式,如何将大数据技术应用到科学研究中去,如何实现大数据等具体问题缺乏深入的理解。

关于大数据与健康,科研人员都在想些什么?首先需要搞清楚自己研究的课题能否转化为现有技术可以实现的大数据问题,这是目前阻碍大数据技术推广的关键阻碍,很多想法过于异想天开,科学变科幻,最后不了了之。必要的硬件基础设施是实施大数据项目的前提。成熟的数据科学问题包括类别预测,推荐系统,健康状况监测,癌症基因组等。

如何绘制大数据与健康的蓝图?

在将具体领域的问题转化为通用可行的大数据问题之后,需要考虑数据来源,数据采集的自动化,数据的质量控制和预处理,数据的存储与传输。

常见的数据来源包括互联网,移动设备,社交网络,高通量测序等。#果粉们想到Applewatch内置的HealthKit吗?以及一些列可穿戴的健康设备,将来都是采集数据的来源哟#

生物医学数据库包括GEO、dbGap、SRA、CGHub等。高速数据传输工具,如Aspera。数据存储需要使用到NoSQL,数据处理需要使用到Hadoop和MapReduce等。

不同类型的数据需要用到不同的挖掘方法。推荐系统可以使用协同过滤和基于内容的过滤。对于复杂的预测问题可以使用深度学习。对于生物调控网络或社交网络,可以进行拓扑分析,关联分析(Guilt-by-association),最短路径分析,随机漫步等。对于大数据结果的展示关系到对大数据揭示的规律的发现和受众的接受度,可使用R、Cytoscape、Circos、Gephi、GraphViz和Tableau等。

大数据项目流程图

研究者认为在未来,人们会更接受大数据带来的改变,更多的人会使用可穿戴设备监测健康状况,并将数据上传到云端共享。这将是中国健康科学工作者最宝贵和独特的资源。凭借最为广大的数据资源,中国将在相关领域占据主导地位。民众将得到更便捷和更个性化的医疗服务,大家真正关心的内容,如量身定制的健康计划,疾病风险报告等,可以通过信息推送系统准确快速的传播到指定人群。

第一作者简介:

*涛,生物信息学博士(年,中国科学院),遗传与基因组科学博士后(年,美国纽约IcahnSchoolofMedicineatMountSinai),目前担任中国科学院上海生命科学研究院健康科学研究所生物信息平台主管,副研究员。主要研究领域包括生物信息学,系统遗传学和大数据研究。目前已经发表论文70余篇。其中主要作者(第一作者/共同第一作者/共同通讯作者)论文55篇。截止年3月15日,累计引用次,H-因子18,H10-因子34,ESI高被引论文7篇。担任十几份杂志的审稿人和国外基金评审人。担任BioMedResearchInternational杂志特刊和ComputationalandMathematicalMethodsinMedicine杂志特刊的牵头客座编辑和客座编辑。

兰亮,年获华中科技大学生物信息学学士学位,年获美国天普大学(TempleUniversity)计算机与信息科学博士。目前在新加坡资讯通信研究院任研究员(Scientist),主要从事大数据,机器学习,数据挖掘和生物信息等领域的研究工作。发表多篇论文在领域内一流国际期刊和顶级国际会议。之前曾任华为诺亚方舟实验室研究员(Researcher)。

参考文献

1.TaoHuangb,LiangLanc,XuexianFang,PengAna,JunxiaMin,FudiWang,PromisesandChallengesofBigDataComputinginHealthSciences,BigDataResearch,doi:10./j.bdr..02.

编辑:林蕾

西湖营养

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