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干货分享单细胞测序和空间转录组测序解 [复制链接]

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北京医院治皮肤科 http://news.39.net/bjzkhbzy/180906/6508755.html

单细胞测序联合空间转录组测序,是目前发表高分文章的有利保障。但是,拿到数据以后,到底如何进一步分析,才能发表高分文章?相信这个问题困扰着每一个研究者。

今天,小编解读一篇最新发表于cell的利用单细胞测序和空间转录组测序解析人肠发育的文章。看看大牛是如何分析单细胞测序结果和空间转录组测序结果,如何将两者进行联合分析,运用了什么样的研究思路,采用了什么样的分析方法,解释发育过程中的重要的生物学问题。

作者针对17个胚胎的77个样本进行了单细胞测序,捕获到个细胞。这些细胞可以分成内皮,成纤维细胞,上皮,外周血,神经元,肌肉,间充质细胞、肌成纤维细胞和免疫细胞9大类,并对各细胞类型的marker基因进行了分析。这些分析,属于单细胞测序分析的标配。

不同细胞类型的分化和形成,是微环境中细胞外部因子结合到细胞的受体上,完成了外界信号传递入细胞,随后依赖于转录因子的表达和转录调控,完成外界信号到基因表达的级联调控,从而控制细胞的分化和发育。因此,作者对各个细胞类型的转录因子和ligand-receptor关系进行了细致的分析,鉴定了多个决定细胞分化的关键转录因子和细胞间通讯关系。

此外,作者针对5个样本取了8张切片进行空间转录组测序。首先分析在不同空转切片上,分别分布了哪些cluster。结合单细胞测序结果,分析

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